本院設院長1人，於行政監督下分設審判、公設辯護、行政及各委員會等單位：

• 審判：

設有民事庭與刑事庭，各置庭長(審判長)1人，法官2至3人，合議審判第二審民事及刑事上訴或抗告案件暨其他依法律規定由高等法院管轄之案件。

• 公設辯護：

辦理指定辯護業務。

• 行政：

設有書記處、人事室、會計室、統計室、政風室及資訊室。

書記處置書記官長一人，承院長之命，處理一般行政事務，並指揮監督所屬書記官、法官助理及其他人員。下設民事紀錄科、刑事紀錄科、文書科、總務科、研究考核科、訴訟輔導科、法警室及法官助理室。

• 各委員會：

設有法官自律委員會、刑事補償事件求償審查委員會、考績委員會、甄審委員會、國家賠償事件處理小組、性騷擾申訴處理評議委員會及性別友善工作小組。

※組織架構圖：

• 發布日期:110-04-28
• 更新日期:110-05-17
• 發布單位:臺灣高等法院臺南分院文書科